È uno dei pochi calciatori stranieri che hanno militato nella Fiorentina ad aver scelto di vivere a Firenze al termine della carriera. E già questo gli fa onore. 

Borja Valero arriva in riva all'Arno dal Villarreal ad agosto del 2012 insieme a Gonzalo Rodriguez quando ha ventisette anni (è nato a Madrid il 12 gennaio 1985). Va a formare con Pizarro e Aquilani un centrocampo di grande qualità. I tre sono tutti nuovi ma, grazie al lavoro di Montella, si integrano subito bene e in campo sembra che si conoscano da anni. Il calciatore spagnolo ricopre tutti i ruoli del reparto. Può giocare come mezzala perché è bravo negli inserimenti ma può essere impiegato anche davanti alla difesa o dietro le punte perché ha grande visione di gioco. In qualche partita fa pure l'esterno di centrocampo. E poi ha un bel tiro. È un centrocampista completo.

Nella Fiorentina gioca sei stagioni (al suo attivo 233 presenze con 17 gol e 45 assist), dal 2012/13 al 2016/17, quando viene ceduto all'Inter nonostante la sua volontà di rimanere a Firenze, e poi nel 2020/21. Dopo tre anni con i nerazzurri torna, infatti, a vestire la maglia viola nell'estate del 2020. Gioca con la Fiorentina nel 2020/21 prima di dare l'addio al calcio professionistico ma non alla sua città d'adozione. 

Il primo gol con la casacca gigliata arriva a San Siro il 12 novembre 2012 quando la Fiorentina batte il Milan 3-1. Borja segna la rete del 2-0 nella porta sotto la curva dei tifosi viola dopo aver dribblato in area di rigore due giocatori rossoneri. La realizza con un diagonale di sinistro ed è bellissima. 

L'ultimo gol con la Fiorentina lo segna al Franchi il 23 febbraio 2017 nella porta sotto la curva Ferrovia nella gara di ritorno dei sedicesimi di finale di Europa League con il Borussia Moenchengladach. Sfruttando un errore di un difensore tedesco, Borja sigla la rete del momentaneo 2-0. È una rete dal sapore amaro però. Infatti la Fiorentina di Paulo Sousa, vittoriosa all'andata in Germania per 1-0, perde incredibilmente per 4-2 e viene eliminata. Quella è anche l'ultima partita in Europa del calciatore spagnolo con la maglia viola. 

Nelle prime tre stagioni a Firenze, con Montella in panchina, la Fiorentina arriva sempre al quarto posto che all'epoca vale l'Europa League o i playoff di Europa League. Nel 2013/14 Borja stabilisce il suo record di reti con la casacca gigliata: 7. E in più fornisce 11 assist. 

Nelle successive due stagioni in riva all'Arno, entrambe con Paulo Sousa in panchina, la Fiorentina ottiene un quinto posto grazie al quale va in Europa League (2015/16) e poi un ottavo posto (2016/17). 

Borja è sempre più amato dai sostenitori della Fiorentina. E nella partita di Reggio Emilia con il Sassuolo del 30 novembre 2015, finita 1-1 grazie a un suo gol, nella curva gigliata compare uno striscione che entra nella storia. C'è una sua foto molto grande con la maglia viola e la  fascia tricolore, quella che indossa il sindaco nelle manifestazioni ufficiali. Sullo sfondo della foto compaiono i monumenti di Firenze. E poi c'è la scritta Borja sindaco. Da quel giorno diventa il "sindaco".

Quando smette di giocare il calciatore spagnolo va spesso allo stadio come tutti i tifosi viola. Lo ricordo all'Olimpico a maggio del 2023 nei distinti sud insieme ai sostenitori gigliati ad assistere alla finale di Coppa Italia con l'Inter. Lui che nove anni prima sempre a Roma la finale di Coppa Italia l'aveva diaputata con la maglia della Fiorentina sconfitta dal Napoli per 3-1. 

Borja è anche uno dei tre giocatori viola ad aver vinto due volte con la Juve a Torino. A differenza di Contratto e Carobbi che hanno battuto i bianconeri in due partite di campionato, uno dei due successi Borja lo ha ottenuto in Coppa Italia. E' in campo il 5 marzo 2015 quando la Fiorentina di Montella si impone per 2-1 con una doppietta di Salah nella semifinale d'andata di Coppa Italia (perde però 3-0 nel ritorno al Franchi e viene eliminata). Ed è in campo il 22 dicembre 2020 quando la squadra gigliata con Prandelli in panchina vince 3-0 con i gol di Vlahovic e Caceres e l'autorete di Alex Sandro. È una serata magica per i supporter viola che però come tutti gli altri non possono andare negli stadi, chiusi per il covid. È un lampo di luce quel successo in un'annata di sofferenza in cui la squadra si salva a tre giornate dalla fine. Borja poi è dispiaciuto perché in quell'ultimo campionato a Firenze prima del suo addio non ha potuto salutare i tifosi della Fiorentina. Viene accontentato dalla società gigliata. E l'anno dopo, il 9 maggio 2022, prima della partita con la Roma al Franchi vinta dalla squadra di Italiano per 2-0 fa un giro di campo con la sua famiglia osannato dalla sua  Firenze come meritava un grande campione e un grande uomo.