La ricostruzione, attraverso gli strumenti delle Digital Humanities, della collocazione originaria del Crocifisso di Donatello a inizio 400 è uno dei risultati ottenuti dalla collaborazione scientifica tra Opera di Santa Croce e Università di Firenze che ha permesso di comprendere al meglio gli aspetti storico-artistici e architettonici due-trecenteschi del complesso, facendo compiere una sorta di viaggio nel tempo.

Dal 2019, anno del rapporto con i centri di ricerca e con l'Università di Firenze, restituita anche la classificazione ad alcune vetrate, attribuendo a Giotto la raffigurazione di Mosè, Davide, Aronne e Salomone, nella parte inferiore della bifora centrale della Cappella Maggiore. Approfondite poi le caratteristiche della prima Santa Croce, molto più piccola di quella attuale, i cui resti sono tornati alla luce nel corso dei lavori di scavo condotti nel 1967. Sempre attraverso i Digital Humanities è stata effettuata la sorprendente ricostruzione virtuale del tramezzo monumentale, realizzato nella metà del Trecento, che divideva la basilica in due parti, una destinata al popolo l'altra alla numerosa comunità francescana.

Tra i risultati della collaborazione - presentati dal segretario generale dell'Opera di S.Croce Stefano Filipponi, dalla rettrice dell'Università Alessandra Petrucci e dai docenti Fulvio Cervini (Sagas) ed Emanuela Ferretti (Dida) - anche quelli sui rilievi digitali condotti negli ambienti ipogei della basilica, delineando inedite ipotesi strutturali. Per la prima volta si è arrivati alla rappresentazione grafica del tramezzo e della sua collocazione all'interno della basilica attraverso due fasi di lavoro, quella del rilievo digitale e l'altra di modellazione virtuale. È stato possibile ricollocare virtualmente le opere d'arte che si presume costituissero l'arredo del tramezzo e connetterle visivamente con l'ambiente circostante. Le ricerche condotte fanno ipotizzare che fossero tre le opere collocate al piano superiore del tramezzo: al centro il grande Crocifisso del Maestro di Figline (oggi al centro dell'altare maggiore), sulla sinistra la Pala Bardi di Coppo di Marcovaldo con le sue Storie di San Francesco e a destra la Maestà del Maestro di Figline. Gli studiosi indicano anche la possibile presenza della Stimmatizzazione di San Francesco di Taddeo Gaddi, oggi all'Harvard Art Museum (Sati Uniti).

"La collaborazione con l'Università di Firenze - ha sottolineato Stefano Filipponi, segretario generale dell'Opera di Santa Croce - ci ha permesso di sviluppare la conoscenza del complesso monumentale in maniera articolata".

La rettrice dell'Università di Firenze Alessandra Petrucci ha spiegato che l'Ateneo ha "la voglia, la necessità di poter far vedere come le ricerche, la conoscenza, la ricerca scientifica possano effettivamente essere al servizio dei cittadini".