La Fiorentina è nel destino di Martin Jorgensen sin dal suo arrivo in Italia. Contro la squadra viola,infatti,il 31 agosto 1997 a Udine nelle file dell'Udinese gioca la sua prima partita in serie A. È il giorno in cui la formazione di Malesani vince in rimonta 3-2 grazie a una tripletta di Batistuta con i tifosi gigliati in festa per le prodezze del centravanti argentino. Anche Jorgensen diventerà un beniamino dei supporter della Fiorentina nelle cinque stagioni e mezzo in cui resta a Firenze.

Arriva in comproprietà dall'Udinese nelle ultime battute del mercato estivo del 2004, quando ha quasi 29 anni (è nato a Ryomgard in Danimarca il 6 ottobre 1975). E debutta in maglia viola alla prima giornata il 12 settembre all'Olimpico nel match con la Roma perso dalla Fiorentina di Mondonico per 1-0. L'Olimpico regala ancora più delusione ma anche rabbia nella partita con la Lazio il 22 maggio alla penultima giornata con i viola in lotta per la salvezza. Sul risultato di 1-1 (che sarà quello finale), alla mezz'ora del primo tempo, un tiro di Jorgensen viene parato con la mano sulla linea di porta dal terzino Zauri con il portiere Peruzzi ormai battuto. È rigore sacrosanto per la Fiorentina ed espulsione del giocatore biancoceleste per tutti ma non per l'arbitro Rosetti e per i suoi collaboratori che non si accorgono dell'episodio. Per il giocatore danese sarebbe stato il terzo gol del campionato dopo quelli segnati al Lecce. Al Franchi all'andata, con Sergio Buso in panchina, realizza la rete dell'1-0 nell'incontro vinto dalla Fiorentina per 4-0. Nel ritorno in Salento, quando l'allenatore è Zoff, con la squadra in svantaggio per 2-0, sigla il gol che dà il via alla rimonta perché poi la partita finisce 2-2.

Dopo un campionato di sofferenza con la salvezza raggiunta all'ultima giornata non è chiaro quale sarà il destino di Jorgensen. Fiorentina ed Udinese, comproprietarie del cartellino, non trovano l'accordo sulla valutazione del giocatore. In realtà nessuna delle due lo vuole. Così vanno alle buste. La società friulana indica zero euro, quella viola 500. Jorgensen resta a Firenze e con Prandelli in panchina vivrà stagioni fantastiche. Nella prima (2005/06), nella quale la Fiorentina arriva quarta e si qualifica per i preliminari di Champions League prima della penalizzazione per la vicenda calciopoli, segna 7 reti. Tante per chi per lo più gioca a centrocampo sulla fascia, destra o sinistra, e che viene impiegato talvolta come mezzala e in certi frangenti anche come terzino (raramente come seconda punta). È un autentico e prezioso jolly.

Tra i gol più importanti del campionato 2005/06 c'è quello (del 2-1) con il Milan al Franchi il 20 novembre alla dodicesima giornata quando i viola, vincendo 3-1, raggiungono i rossoneri al secondo posto in classifica alle spalle della Juve. L'anno dopo (2006/07) tra le altre realizza la rete della vittoria a Torino con il Toro il 25 ottobre, quando la Fiorentina, partita con una penalizzazione di 19 punti poi ridotta a 15, conquista la quarta vittoria consecutiva (1-0).

Nella stagione successiva (2007/08) segna solo una doppietta agli svedesi dell'Elfsborg al Franchi nella fase a gironi di Coppa Uefa, in un incontro vinto dai viola per 6-1. Nel 2008/09, complice una malattia virale, Jorgensen disputa appena 13 partite ma segna un gol importantissimo alla penultima giornata a Lecce, dove subentra a Jovetic a dieci minuti dalla fine con la Fiorentina in svantaggio per 1-0. Lo realizza al 90' con la squadra in dieci per l'espulsione di Felipe Melo. E' la rete del definitivo 1-1, quella che regala alla formazione di Prandelli la matematica certezza del quarto posto (conclude il campionato in quella posizione) e della qualificazione almeno ai preliminari di Champions League con un turno d'anticipo. E' anche l'ultima rete in campionato di Martino, come viene chiamato ormai a Firenze, in maglia viola.

L'ultima in assoluto la segna quello stesso anno in uno degli stadi più celebri del mondo. Ad Anfield il 9 dicembre nell'ultima partita della fase a gironi di Champions League. È la rete dell'1-1 contro il Liverpool con un tiro in diagonale al 17' della ripresa su assist di Gilardino nella porta sotto la curva dei tifosi viola. Poi Gila al 93' segna il gol del 2-1 che regala alla Fiorentina il primo posto e l'accesso agli ottavi di finale. Poco più di un mese dopo, il 10 gennaio 2010, al Franchi con il Bari nell'incontro vinto in rimonta dalla Fiorentina per 2-1 con le reti di Mutu e Castillo, disputa la sua ultima partita in maglia viola. Alla fine di gennaio, a più di 34 anni, chiede di essere ceduto all'Aarhus, il club nel quale ha iniziato la carriera da professionista. La società viola lo accontenta.

Jorgensen lascia Firenze dopo aver disputato 182 partite, segnando 17 reti. Oltre a essere stato un ottimo giocatore è anche una bella persona. Ed è un piacere, con 3 giorni d'anticipo, fargli gli auguri per i suoi primi 50 anni.